当前，出于各种因素的考虑，许多自然人投资者往往会选择设立合伙企业作为持股平台，自己成为合伙企业的合伙人，再由合伙企业持有实体公司股权，搭建起一种间接持股模式。从公司法等商法层面考虑，这种间接持股方式或许有助于更好实现公司治理等目标，但从税法方面考虑，对于发展良好、下属公司股权公允价值较高的合伙企业自然人合伙人而言，却容易在股权转让、投资退出的最后环节，承受比个人直接转让股权情形下更为沉重的税务负担。

近两年来，合伙企业转让下属公司股权、税务局适用高税率追缴自然人合伙人个税的相关案件猛增，这一传统模式下蕴藏的税务风险也愈发清晰可见，令许多自然人投资者措手不及。通过合伙企业间接转让股权的模式为何突然暴露出如此重大的税务风险，是许多投资者亟需获得解答的问题。

一、 典型案件分析

2020年3月，上市公司浩欧博（证券代码：688656）的实际控制人陈涛，通过员工持股平台合伙企业苏州外润，转让了其间接持有的上市公司股权给外部股权投资基金，并由苏州外润按照“财产转让所得”项目适用的20%税率代为缴纳个人所得税。2021年7月，苏州外润接到税务部门通知，要求按35%的税率尽快补交陈涛股权转让所得税款的差额及相应滞纳金，预估金额约1700万元。当月，浩欧博下属子公司向苏州外润提供借款1700万元，用于向税务机关交付税款。2022年2月19日，浩欧博发布公告，披露该事件具体经过及整改情况。

对于很多通过合伙企业间接持股的投资者，合伙企业往往仅是其安排下的持股平台、资金平台，合伙企业本身并不具有任何实质经营活动，本身仅是承载股票、股权、资金的载体而已。因此，一些自然人投资者往往习惯性认为，既然税法已然规定了合伙企业是税收透明体、并不承担企业所得税，而是直接对自然人合伙人从合伙企业取得的收入征收相应的个人所得税，那么合伙企业转让其下属公司股权，即等同于个人直接转让公司股权，属于“财产转让所得”应税项目，按照20%税率缴纳个人所得税。

然而，尽管支撑这一观念的商业原理具有一定程度的合理性，但却与我国税法明文规定不相符。

二、自然人合伙人从合伙企业取得收入，按“经营所得”项目适用超额累进税率，最高为35%

2000年6月20日，《国务院关于个人独资企业和合伙企业征收所得税问题的通知》（国发〔2000〕16号）文件规定：“自2000年1月1日起，对个人独资企业和合伙企业停止征收企业所得税，其投资者的生产经营所得，比照个体工商户的生产、经营所得征收个人所得税。”据此，2000年9月19日，财政部、国家税务总局发布《关于个人独资企业和合伙企业投资者征收个人所得税的规定》（财税〔2000〕91号），其中第四条第一款规定：“个人独资企业和合伙企业（以下简称企业）每一纳税年度的收入总额减除成本、费用以及损失后的余额，作为投资者个人的生产经营所得，比照个人所得税法的‘个体工商户的生产经营所得’应税项目，适用5%～35%的五级超额累进税率，计算征收个人所得税。”第二款规定：“前款所称收入总额，是指企业从事生产经营以及与生产经营有关的活动所取得的各项收入，包括……财产出租或转让收入……。”

2011年4月，《国家税务总局关于切实加强高收入者个人所得税征管的通知》（国税发〔2011〕50号）在“完善生产经营所得征管”方面更进一步明确规定，对个人独资企业和合伙企业从事股权（票）交易取得的所得，应全部纳入生产经营所得，依法征收个人所得税。

因此，当自然人投资者通过合伙企业间接转让公司股权取得相应收入的，自始至终都应按照个人所得税法中的“经营所得”项目适用5%~35%超额累进税率，而非“财产转让所得”项目下统一适用的20%税率。而根据现行经营所得税率表，在通过合伙企业间接转让股权模式下，只要一笔股权转让交易所得额超过50万，即应适用最高档35%的税率。

三、大规模核定征收的时代背景，是投资者通过合伙企业间接转让股权模式成立的基本前提

尽管国务院以及国税总局对于自然人投资者从合伙企业中取得的收入，已经明确规定属于经营所得项目，适用超额累进税率，但长期以来，众多自然人投资者仍愿意采取通过合伙企业间接持有实体公司股权的方式投资，并通过合伙企业间接转让股权的方式实现退出。其中的主要原因，在于以往实践中普遍存在的两种地方政府“税收优惠”措施。

一是部分地方政府同意将间接转让股权收益按照“财产转让所得”项目适用20%税率。但据报道，2018年时，国税总局稽查局对各地股权转让的检查工作下发内部指导意见，明确指出一些地方政府对投资类合伙企业的投资人按照20%的所得税率征税，不符合个人所得税法规定，要求有违规行为的地方税局予以纠正。因此，此种变更应税项目的做法，在2018年以后的投资运营实践中已非主流。

二是部分地方政府准予核定征收税款及较低的应税所得率。一些案件中，部分地方政府与合伙企业签订协议，同意对企业采取核定征收的征税方式，约定按企业实际经营收入（含股权转让收入）核定极低的应纳税所得率。根据财税〔2000〕91号文第九条规定，应税所得率根据行业的不同自5%至40%不等，投资业可归类为其他行业并适用10%至30%的应税所得率。如政府核定企业收入中仅有10%至30%为应税所得的，在股权转让收入远高于股权取得成本时，尽管计算出的所得额仍在50万以上，税率适用35%的顶格税率，但结算后的整体税负却仅为3.5%至10.5%，仍远低于自然人直接转让公司股权的20%税率。

上述两种所谓的地方性税收优惠措施，是以往年份自然人通过合伙企业间接持股、间接转让股权在税务方面考量的根本原因。

但时代是会变的。

四、查账征收时代，通过合伙企业间接转让股权的避税模式已不具有商业合理性

2021年12月30日，财政部、国家税务总局发布的《关于权益性投资经营所得个人所得税征收管理的公告》（财政部 税务总局公告2021年第41号）规定：“一、持有股权、股票、合伙企业财产份额等权益性投资的个人独资企业、合伙企业（以下简称独资合伙企业），一律适用查账征收方式计征个人所得税。二、……公告实施前独资合伙企业已持有权益性投资的，应当在2022年1月30日前向税务机关报送持有权益性投资的情况。税务机关接到核定征收独资合伙企业报送持有权益性投资情况的，调整其征收方式为查账征收。……四、本公告自2022年1月1日起施行。”

上述41号文的出现，宣告了“自然人+合伙企业+股权转让+核定征收”模式的终结。自2022年起，自然人通过合伙企业间接实施股权转让的模式，与自然人直接转让股权模式相比，已不具备税负节约层面的合理性。

五、合伙制创业投资企业（私募基金）转让下属公司股权，是适用20%税率的唯一例外

2023年8月21日，财政部、税务总局、国家发展改革委、中国证监会联合发布了《关于延续实施创业投资企业个人合伙人所得税政策的公告》，对四部门于2019年发布的财税〔2019〕8号文规定的税收优惠政策予以延续。2023年新规明确，对于符合《创业投资企业管理暂行办法》或者《私募投资基金监督管理暂行办法》关于创业投资企业（基金）的有关规定，并按照上述规定完成备案且规范运作的合伙制创业投资企业（基金），如其选择按单一投资基金核算的，其个人合伙人从该基金应分得的股权转让所得和股息红利所得，按照20%税率计算缴纳个人所得税，由创业投资企业（基金）代扣代缴。该政策执行至2027年12月31日。

据此，自2019年至2027年底，合伙企业转让下属公司股权，自然人合伙人承担的税率呈现截然二分的局面。若合伙企业属于上述公告中的创业投资企业，则可以在满足条件情况下，享受20%税率优惠；若合伙企业为非金融行业合伙企业的，则不得不按照“经营所得”项目适用超额累进税率缴税。

结语

自2000年至2021年底，“自然人投资者通过合伙企业间接转让公司股权+核定征收”的避税模式在21年后，已然走到尽头。在新的税收监管环境下，无论是金融行业还是实体行业的自然人投资者，都需要考虑是否调整原有的投资主体结构以降低实际税负，或对持股平台按规定进行创投企业、私募基金备案申报。对于已经搭建了合伙企业持股平台，且确需以转让方式实现投资退出的投资者们，直接转让合伙企业份额比转让股权更为妥当。